Ditinjau dari sejarah Indonesia kuno, Kerajaan Kutai merupakan kerajaan tertua di Indonesia. Hal ini dibuktikan dengan ditemukannya 7 buah prasasti yang ditulis diatas yupa (tugu batu) yang ditulis dalam bahasa Sangsekerta dengan menggunakan huruf Palawa di Muara Kaman Kutai Kartanegara. Berdasarkan Paleografinya, tulisan tersebut diperkirakan berasal dari abad ke - 5 Masehi.
Dari prasasti tersebut dapat diketahui adanya sebuah kerajaan dibawah kepemimpinan sang raja Mulawarman, putra dari raja Aswawarman, cucu dari maharaja Kudungga. Kerajaan yang diperintah oleh Mulawarman ini bernama Kerajaan Kutai Martadipura dan berlokasi diseberang kota Muara Kaman.
Pada abad ke - 17, Agama Islam diterima dengan baik oleh Kerajaan Kutai Kartanegara, selanjutnya banyak nama-nama Islami yang akhirnya digunakan pada nama-nama raja dan keluarga kerajaan Kutai Kartanegara.Sebutan raja pun diganti dengan sebutan Sultan. Sultan yang pertama kali menggunakan nama Islam adalah Sultan Aji Muhammad Idris (1735 - 1778). Tahun 1732, ibukota Kerajaan Kutai Kartanegara pindah dari Kutai Lama ke Pemarangan.
Pada tahun 1780, Aji Imbut berhasil merebut kembali ibukota Pemarangan dan secara resmi dinobatkan sebagai Sultan dengan gelar Sultan Muhammad Muslihuddin di istana Kutai Kartanegara. Aji Kado dihukum mati dan dimakamkan di Pulau Jembayan.
Aji Imbut gelar Sultan Aji Muhammad Muslihuddin, memindahkan ibukota Kesultanan Kutai Kartanegara ke Tepian Pandan pada tanggal 28 September 1782. Perpindahan ini dilakukan untuk menghilangkan pengaruh kenangan pahit masa pemerintahan Aji Kado dan Pemarangan dianggap telah kehilangan tuahnya. Nama Tepian Pandan kemudian diubah menjadi Tangga Arung, yang berarti rumah raja. Lama kelamaan Tangga Arung lebih populer dengan sebutan Tenggarong dan tetap bertahan hingga kini.
Pada tahun 1838, Kesultanan Kutai Kartanegara dipimpin oleh Sultan Aji Muhammad Salehuddin setelah Aji Imbut mangkat pada tahun tersebut. Pada tahun 1959, berdasarkan UU No 27 tahun 1959 tentang Pembentukan Daerah-Daerah Tingkat II di Kalimantan, Wilayah Daerah Istimewa Kutai dipecah menjadi 3 daerah tingkat II, yaitu :
- Daerah Tingkat II Kutai dengan ibukota Tenggarong
- Kotapraja Balikpapan dengan ibukota Balikpapan
- Kotapraja Samarinda dengan ibukota Samarinda.
Berdasarkan UU No 27 tahun 1959, status daerah istimewa Kutai di hapus dan daerah ini dibagi menjadi 3 daerah tingkat II, yaitu :
- Kotamadya Balikpapan dengan Ibukota Balikpapan
- Kotamadya Samarinda dengan Ibukota Samarinda
- Kabupaten Kutai dengan Ibukota Tenggarong.
- Kabupaten Kutai dengan Ibukota Tenggarong
- Kabupaten Kutai Barat dengan Ibukota Sendawar
- Kabupaten Kutai Timur dengan Ibukota Sanggata
- Kota Bontang dengan Ibukota Bontang.